在我国现行档案馆的设置体系中，处理好综合档案馆和专业档案馆的关系是一个极为重要的问题。《意见》强调了3个方面：
一是强调要“统筹规划、科学设置并严格审批建立同级专业档案馆，明确规定档案接收范围，防止重复建设和资源分散”。
二是强调“有条件的国家综合档案馆要通过整合档案目录、档案信息、档案实体和设置分馆等形式，整合本级其他专业档案馆的档案资源”。这为各级各类档案馆在各有分工并各有侧重的基础上整合档案资源、处理好各自关系指明了新的路径和方法。各级各类档案馆应该积极尝试按照这些新的路径和方法去整合档案资源，实现档案资源共享。
三是强调“各级专业档案馆接受同级档案行政管理部门的监督指导”。这就明确把各级专业档案馆置于档案行政管理部门的监督指导之下，可以有效防止出现有的专业档案馆自行其是不服从同级档案行政管理部门监督指导的情况。各级专业档案馆都要按照这一要求，摆正位置，自觉接受同级档案行政管理部门的监督指导，理顺档案管理关系。各级档案行政管理部门也要按照这一要求，积极地、理直气壮地行使对同级专业档案馆的监督指导职能，不使这一职能受到削弱甚至偏废。
各级国家档案馆是我国档案工作的主体。接收并提供利用档案，是档案馆的主要功能。《意见》第三条还要求：“各级国家综合档案馆要依法集中接收保管本级党政机关、企事业单位、社会组织的各类档案(包括电子档案，下同)及政府公报等政府公开信息，同时不断扩大档案接收范围，接收本级各单位所属机构的档案；按规定向社会提供利用，切实提高档案公共服务能力”。这里，对国家综合档案馆的接收范围，重点强调了3点：一是各种机构的档案，不但包括本级的党政机关、企业、事业单位、各种社会组织，而且包括这些机构的一些所属机构，也就是重要的二级机构；二是各种载体的档案，特别是包括电子档案；三是包括政府公开信息，即已公开的政府现行文件。各级国家综合档案馆要按照以上这些要求，修改接收范围，依法集中接收相关档案。
第四条是建立档案室工作新格局。这一条对各法人单位做好本单位档案工作提出了要求：“各级党政机关、企事业单位(包括境外派出机构)、社会组织，要根据工作实际需要，加强档案管理工作，做好本单位本系统的文件收集、整理、归档工作，集中收集保管本单位各类档案并提供利用，开展档案数字化、档案编研、档案业务交流、人员培训等，按规定向同级国家档案馆移交档案”。“各级党政机关、企事业单位要大力支持档案部门加强统筹协调和业务指导，确保归档文件材料符合要求；把档案信息化纳入本单位信息化建设整体规划，统一部署、同步实施，确保档案部门实现对电子文件形成、积累和归档的全程监督指导。”这些要求，既是对各单位领导提的，也是对各单位档案部门提的。按照这些要求做好本单位档案工作，既是各单位领导的职责，也是各单位档案部门、档案人员的职责。各单位专兼职档案人员要积极争取本单位领导为做好档案工作提供必要支持，同时也要按照这些要求，认真全面地履行自己应尽的各项职责。特别是其中有些职责、任务，是以前的党和国家档案工作文件中没有提到的，是新形势下党和国家对机关档案工作提出的新要求，如开展档案数字化、档案信息化，实现对电子文件形成、积累和归档的全程监督指导等，对这些新的工作职责一定要与时俱进地履行好、完成好。
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